Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 1/15 SITRANS – Système dinformation Transcriptome pour la plate- forme de la Genopole

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    04-Apr-2015

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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 1/15 SITRANS Systme dinformation Transcriptome pour la plate- forme de la Genopole Rhne-Alpes Daniel CRISAN http://liris.cnrs.fr/~sitrans
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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 2/15 Contexte Dessin de la puce Hybridation Analyse des donnes Prparation des cibles P. Marc ENS - 1999
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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 3/15 Besoins informatiques Saisie/Consultation des donnes Bibliothques de techniques utilises au cours dune exprience Sauvegarde/importation des fichiers externes (spotter report, images, donnes brutes, etc.) Consultation dune banque de gnes/oligonuclotides
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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 4/15 SITRANS - spcifications Objectif : Suivi des expriences puces ADN Saisie Cahier de laboratoire lectronique Publication Diffusion Web Compatibilit avec le format MIAME Consultation Valorisation des informations Caractristiques Ergonomie Importation des fichiers externes Gestion des profils utilisateurs (chercheur, tudiant, visiteur, administrateur)
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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 5/15 Architecture n-tiers
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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 6/15 Schma UML de la Base de Donnes
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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 7/15 Les couches applicatives E E EE E E S S S S Servlet
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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 8/15 La couche prsentation
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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 9/15 La couche prsentation
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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 10/15 La couche prsentation
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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 11/15 Etat davancement Fait Choix de larchitecture de SITRANS Conception de la Base de Donnes Conception des couches applicatives Saisie donnes En cours Dveloppement des couches applicatives Saisie donnes (chance nov. 2003) A faire Conception et dveloppement des couches applicatives Consultation donnes (chance fv. 2004) Tests de SITRANS (chance mars 2004) Formation des utilisateurs (chance mars 2004) Installation et configuration de SITRANS (chance avril 2004 )
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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 12/15 Gestion du projet Runions de projet Bimensuelles avec lquipe Informatique Mensuelles avec lquipe Biologie Site Web : http://liris.cnrs.fr/~sitrans Documents en accs public : description du projet, description dune exprience puces ADN Documents en accs restreint, limit aux membres du projet : maquette de linterface, compte-rendu des runions de projet, documents de dveloppement, code source
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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 13/15 Conclusion et perspectives CDD Finalisation du dveloppement et mise en exploitation de SITRANS Poursuite Une thse dbute visualisation de donnes de gros volumes Un dpt de projet l ACI ImpBio :TransParNet schma commun pour le partage de donnes du transcriptome et doutils de traitement spcification dune architecture de mdiation
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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 14/15 INSA-Lyon UCBL Pdagogie Ingnieurs Bioinformatique et Modlisation Recherche Bioinformatique du transcriptome SITRANS TransParNet ROSO Design de sondes oligo pour puces ADN http://pbil.univ-lyon1.fr/roso/Home.php Data Mining donnes puce et SAGE
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  • Activits Rhne-Alpes Genopole / bioinformatique Rhne-Alpes Genopole 15/15 Biologie des Systmes et Modlisation Cellulaire BSMC (http://prisma.insa-lyon.fr/bsmc) Problmatiques biologiques : - Symbiose et Evolution - Autorenouvellement Cellulaire UMR 203 INRA/INSA, BF2I Biologie Fonctionnelle UMR CNRS/UCBL 5534, CGMC Biologie Cellulaire et Molculaire UMR CNRS/UCBL/INSA/ECL 5585, MAPLY Mathmatiques Appliques Laboratoire INSA/UCBL/ULL PRISMa Informatique Bioinspire et Vie Artificielle FRE CNRS/INSA/UCBL/ULL/ECL 2672, LIRIS Systmes dInformation et Data Mining Outils bioinformatiques et de modlisation : - Puce ADN (6400 plots) ddie Buchnera (DTAMB/ECL) - Base de donnes SAGE - Identitag - Data mining des donnes dexpression - Etude qualitative des rseaux : Emergence de la complexit - Modle RBF-Gene : Evolution structurelle des gnomes bactriens - Modle SMA : Emergence de structures multiprotiques