Draft Sidang

  • View
    500

  • Download
    2

Embed Size (px)

Transcript

1. UJI AKTIVITAS DAYA HAMBAT METABOLIT BAKTERI ENDOFIT PADI TERHADAP CENDAWAN PATOGEN TANAMAN 2. IDENTIFIKASI GEN KETAHANAN PADI TERHADAP TUNGRO DENGAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

Laporan Praktik Lapangan Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian Jl. Tentara Pelajar No. 3A Bogor

RIAN TRIANA

DEPARTEMEN BIOKIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2011

1. UJI AKTIVITAS DAYA HAMBAT METABOLIT BAKTERI ENDOFIT PADI TERHADAP CENDAWAN PATOGEN TANAMAN 2. IDENTIFIKASI GEN KETAHANAN PADI TERHADAP TUNGRO DENGAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

RIAN TRIANA

Laporan Praktik Lapangan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains pada Departemen Biokimia

DEPARTEMEN BIOKIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2011

Judul : 1. Uji Aktivitas Daya hambat Metabolit Bakteri Endofit Padi Terhadap Cendawan Patogen Tanaman 2. Identifikasi Gen Ketahanan Padi Terhadap Tungro dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) Nama : Rian Triana NIM : G84080004

Disetujui

Prof. Dr. drh. Maria Bintang, M.Sc Pembimbing Utama

Dr. Tri Puji Prijatno Pembimbing Lapangan

Diketahui Ketua Departemen Biokimia

Dr. Ir. I Made Artika, M.App.Sc NIP 19630117 198903 1000

Tanggal lulus:

PRAKATAPuji dan syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT atas segala limpahan nikmat dan karunia-Nya sehingga kegiatan praktik lapangan dan penulisan laporan ini dapat terselesaikan. Kegiatan praktik lapangan ini dilaksanakan selama 2 bulan dari tanggal 5 Juli sampai dengan Agustus 2011 di Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian (BB-Biogen). Kegiatan yang dilakukan yaitu penelitian yang berjudul Uji Aktivitas Daya hambat Metabolit Bakteri Endofit Padi Terhadap Cendawan Patogen Tanaman dan Identifikasi Gen Penyandi Ketahanan Padi Terhadap Tungro dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Ucapan terima kasih penulis sampaikan kepada semua pihak yang telah membantu selama kegiatan praktik lapangan dan penyusunan laporan ini, antara lain Prof. Dr. drh. Maria Bintang, M.Sc selaku pembimbing utama, Dr. Tri Puji Prijatno selaku pembimbing praktik lapangan, dan semua pihak yang telah membantu selama pelaksanaan dan pembuatan laporan praktik lapangan ini. Penulis menyadari tentang kekurangan dalam penulisan laporan praktik lapangan ini. Oleh karena itu, penulis mengharapkan saran dan kritik yang dapat membuat penulisan berikutnya dengan hasil yang lebih baik. Akhir kata penulis berharap tulisan ini dapat berguna bagi penulis sendiri maupun semua pihak demi kemajuan ilmu pengetahuan.

Bogor, September 2011

Rian Triana

DAFTAR ISIDAFTAR ISI ....................................................................................................... v DAFTAR TABEL .............................................................................................. vi DAFTAR GAMBAR .......................................................................................... vi DAFTAR LAMPIRAN ....................................................................................... vi PENDAHULUAN ............................................................................................... 1 KEADAAN UMUM BALAI BESAR PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN BIOTEKNOLOGI DAN SUMBER DAYA GENETIK PERTANIAN ................. 5 Sejarah Lembaga dan Perkembangannya ......................................................... 5 Visi dan Misi ................................................................................................... 6 Organisasi dan Sumber Daya Manusia ............................................................. 7 Fasilitas dan Kerja Sama .................................................................................. 7 Program Penelitian dan Pembiayaan .............................................................. 10 TINJAUAN PUSTAKA .................................................................................... 12 Mikroba Endofit ............................................................................................ 12 Bakteri Endofit .............................................................................................. 13 Pengendalian Hayati ...................................................................................... 13 Mekanisme Antagonis Dalam Pengendalian Penyakit Tumbuhan................... 14 Mikroba Patogen Uji ...................................................................................... 15 Tanaman Padi ................................................................................................ 16 Penyakit Tungro ............................................................................................ 17 Polymerase Chain Reaction (PCR) ................................................................ 18 Elektroforesis ................................................................................................. 20 BAHAN DAN METODE .................................................................................. 22 Bahan dan Alat .............................................................................................. 22 Metode .......................................................................................................... 23 Pembuatan Media Luria Bertani (LB)......................................................... 23 Pembuatan Media Potato Dextrose Broth ................................................... 23 Pembuatan Media Potato Dextrose Agar (PDA)......................................... 23 Pembuatan Media Produksi Antibiotik (Hsu & Lockwood 1969) ............... 23 Kultur Cendawan ....................................................................................... 23 Uji Antagonisme Bakteri Endofit ............................................................... 24 Produksi Antibiotik .................................................................................... 24 Ekstraksi Protein dan Antiobiotik Bakteri Endofit ...................................... 25 Uji Aktivitas Daya Hambat Ekstrak Protein dan Ekstrak Etil Asetat ........... 25 Penanaman Padi ......................................................................................... 26 Isolasi DNA Padi ....................................................................................... 26 Amplifikasi DNA dengan PCR .................................................................. 27 Elektroforesis produk PCR ......................................................................... 27

HASIL DAN PEMBAHASAN .......................................................................... 29 Uji Antagonisme Bakteri Endofit ................................................................... 29 Produksi dan Ekstraksi Metabolit serta Uji Aktivitas Daya Hambatnya .......... 30 Isolasi DNA Padi ........................................................................................... 34 Amplifikasi DNA dengan PCR ...................................................................... 36 SIMPULAN DAN SARAN ............................................................................... 38 Simpulan ....................................................................................................... 38 Saran ............................................................................................................. 38 DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 39 LAMPIRAN ...................................................................................................... 44

DAFTAR TABEL1. Hasil uji daya hambat metabolit bakteri endofit terhadap kedua cendawan ... 32 2. Hasil uji aktivitas glukanase ekstrak protein ................................................. 34

DAFTAR GAMBAR1. 2. 3. 4. Tanaman kelapa sawit yang terserang busuk pangkal batang ........................ 16 Proses umum PCR ....................................................................................... 19 Skema uji antagonisme bakteri endofit terhadap cendawan .......................... 24 Skema uji aktivitas daya hambat ekstrak terhadap pertumbuhan miselia cendawan ..................................................................................................... 26 5. Hasil uji antagonisme bakteri endofit: (a) E65 vs Rs; (b) E65 vs Po; ............ 30 6. Hasil uji daya hambat metabolit bakteri E94: (a) EA vs Po; (b) P vs Po;....... 32 7. Hasil uji daya hambat metabolit bakteri E65: (a) EA vs Po; (b) P vs Po;....... 33 8. Hasil uji ekstrak protein E94 dan E65 pada media glukan ............................ 34 9. Elektroforegram hasil PCR dengan primer R-marker ................................... 37 10. Elektroforegram hasil PCR dengan primer S-marker .................................... 37 11. Elektroforegram hasil PCR dengan primer UR-marker ................................. 37

DAFTAR LAMPIRAN1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. Struktur organisasi BB-Biogen ..................................................................... 45 Komposisi larutan EDTA 0.5 M................................................................... 46 Komposisi DNA Loading buffer (loading dye) ............................................. 46 Komposisi buffer TAE 50X (per liter larutan) .............................................. 46 Komposisi larutan KOAc 5 M, pH 5.5 ......................................................... 46 Komposisi buffer ekstraksi DNA ................................................................. 46 Komposisi buffer TE .................................................................................... 46 Komposisi larutan PBS (Phosphate Buffered Saline) 1X .............................. 47 Komposisi larutan PVP (Polivinilpirolidon) .........................................