Ecologie microbienne moléculaire ?· Ecologie microbienne moléculaire HMBA205 2017-2018 ECTS : 5 Répartition…

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    12-Sep-2018

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<ul><li><p>Ecologie microbienne molculaire HMBA205 2017-2018 </p><p> ECTS : 5 Rpartition des enseignements : 10.5h CM + 15h TD + 24h TP Description : Etude de la biodiversit microbienne et des interactions entre micro-organismes et leur milieu l'aide d'outils molculaires modernes. Etude des mcanismes molculaires de gnration de la biodiversit et leurs implications (rsistance aux antibiotiques, virulence, franchissement de la barrire dhte, symbiose etc) Objectifs : Acqurir outils et concepts permettant danalyser la biodiversit cultivable et non cultivable dans les cosystmes, et lidentification sans culture en sappuyant sur lanalyse des squences; acqurir les bases (outils et mthodes) de lanalyse de la biodiversit infraspcifique et de lvolution en sappuyant sur la gnomique et la post-gnomique; analyser les interactions entre des microorganismes et leur environnement. Cours (10,5h) </p><p>- Mthodes de diagnostic molculaire appliques en microbiologie (4h) A. Occhialini (IUT) - Techniques de typage des micro-organismes (3h) C. Teyssier (Pharma) - Organisation des gnomes bactriens (1.5h) S. Gaudriault (INRA) - Techniques de squenage (2h) JC Avarre (IRD) </p><p> TD (15h) </p><p>- Annotation de gnes bactriens (MAGE) (4 x 1,5h) en salle informatique Intervenant: Sophie Gaudriault (INRA) </p><p>- Analyses bioinformatique de gnomes sous Linux dans le cadre des Montpellier Omics Days (1 jour). Intervenants : Anna-Sophie Fiston-Lavier et tudiants M2 BCD. </p><p> TP (24 h) Squenage haut dbit de virus et analyses bio-informatiques des squences en lien avec la virulence. </p><p>- Extraction des ADN/ARN viraux - Prparation de banques d'ADN - Squenage MiSeq (plateforme GenSeq, bat 24) - Analyses bioinformatique de gnomes (Mapping et visualisation IGV (en salle info) Intervenants : Anne-Sophie Gosselin (MCF UM) et JC Avarre (IRD ISEM) </p><p> Responsable : Anne-Sophie Gosselin (anne-sophie.gosselin-grenet@umontpellier.fr) MCC : Contrle continu intgral (CR de TP et oral; annotation de gnes; examen crit) </p></li></ul>