Réflexion NGS SBR

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    24-Feb-2016

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Rflexion NGS SBR . Mai 2012. Historique Les acteurs du march Contexte rgional Contexte financier Contexte local. Historique. PF Genomer depuis 2001 : 2001 : 1 er squenceur 2004 : 2 nd squenceur 2009 : 3 me squenceur Squencage et gnotypage capillaire - PowerPoint PPT Presentation

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Rflexion NGS SBR

Rflexion NGS SBR Mai 2012HistoriqueLes acteurs du marchContexte rgionalContexte financierContexte local

PF Genomer depuis 2001 : 2001 : 1er squenceur2004 : 2nd squenceur2009 : 3me squenceur

Squencage et gnotypage capillaire

Demande dquipement ngs moyen dbit depuis 3 ans

Historique

Les acteurs du march

Roche GS Junior

Illumina MiSeq

Life ION PGM Les acteurs du march

GS Junior

Throughput = 35 million high quality bases per run

Average Read Length = 400bp

Reads Per Run = 70,000-100,000

Accuracy = 99% at 400bp

Sample Input = gDNA, amplicons, cDNA, & BACs

Illumina MiSeq

Life ION PGM

Mc Gill university : 1800$ + 307$ (rnaseq : 120 millions de reads en pair end)Biogenouest Nantes : env . 5000 une puce 300Gb sur HiSeq1000

Illumina genome network :4500 EUR / 30x human genome

Fasteris :15 millions de reads SR , 50 ou 100pb : 1150 euros120 millions de reads PR = 4 echant/chanel) , 2x100pb : 9800 euros180 millions de reads SR = 4 echant/chanel) , 1x100pb : 9000 euros

MGX Montpellier : Digital Gene Expression (/chantillon)754 1173 Chip-Seq (/chantillon)450 721 Small-RNA (/chantillon) Seq507 778 RNA-Seq (/chantillon)404 656 ADN Gnomique (/chantillon)378 583

La suite

Les technologies SMS pour Single Molecule Sequencing peuvent tre regroupes selon trois catgories:

Technologies de squenage en temps rel impliquant lasynthse du brin dADN complmentaire via une ADN polymrase.

Technologies de squenage par dtection des basessuccessivesdune molcule dADN au travers de nanopores.

Technologies de squenage bases sur des techniques de microscopie.

PacBio, Helicos Noblegen, Starlight, Cracker Bio, NABSys, Halcyon

Oxford Nanopore Le MinION (dont le prix serait infrieur 900 $) est un consommable et squenceur (les deux la fois) jetable qui devrait permettre de gnrer 1 Gb de donnesLe GridION permet quant lui de gnrer, par module, plusieurs dizaines de Gb / jourContexte rgional

Rennes BeaulieuRennes VillejeanNantes (Brest)Equipements GS-FLXMicro-arraysHi-Seq 1000Mi-SeqMicro-arraysHi-Seq 1000Mi-SeqION PGM ???

?RoscoffEquipements 3x 3130XL

Contexte financierBudget de la demande : 150 000 env (maintenance + env.)Source de financements :- Idealg (Acquis) = env 50000 dispo- Demande ANR = Metapico 50000??- EMBRC : crdits disponibles- Demande BioGenouest : 100000 potentiellement dispo 2eme trim.Sinon demande 2013 : Dead line 25 mai- CG29 : Dead line 31 maiContexte Local