Vezani geni i genetičke rekombinacije

  • Published on
    30-Jan-2017

  • View
    222

  • Download
    0

Embed Size (px)

Transcript

<ul><li><p>mapiranje(hromozoma, genoma)</p></li><li><p> mejoza</p><p> nezavisno rasporeivanjehromozoma (alela)</p><p> set lokusa na istomhromozomu - haplotip</p><p> vezano nasledjivanje alela,segregacija hromozoma</p><p> rekombinacija (krosing over) rekombinantni potomci nerekombinantni potomci</p></li><li><p>genetiki markeri Genetiki markeri su mesta u genomu pomou ijih alela</p><p>moemo pratiti nasledjivanje odreenog hromozoma iliregiona hromozoma kroz generacije</p><p> Genetiki marker mora biti polimorfan da senalazi u vie varijanti alelskih, u populacijama fenotipski ogranien broj i polimorfnost citogenetiki posebne tehnike (npr. bojenja</p><p>hromozoma) biohemijski malobrojni..izoenzimi molekularni</p><p> RFLP, AFLP, RAPD, STS, SNP</p></li><li><p>Genetika vezanost markera ilokusa (linkage)</p><p> Ako je na primer, A lokus uzronovezan sa osobinom, a B i C sumarkeri pomou kojih odredjujemo A:.vea je verovatnoa da e serekombinacija desiti izmedju A i Cnego A i B, pa marker B eesegregira zajedno sa A</p><p>na osnovu uestalosti pojaverekombinanata odredjuje se razdaljinalokusa</p></li><li><p>rekombinaciono mapiranjeotkriva redosled gena na hromozomima, ali daje samo grubu sliku pravograstojanja izmeu njih.</p><p> Genetike mape se baziraju na uestalosti c.o. Razmak oslikava vezanost lokusa (verovatnou zajednike</p><p>segregacije). jedinica razdaljine izmeu lokusa je cM (centi Morgan) ili m.u (map unit),</p><p>1cM = 1m.u. =1% rekombinacije.</p><p> neki regioni hromozoma su podloniji rekombinacijama, pa razdaljine nagenetikom mapama ne odgovaraju u potpunosti stvarnim rastojanjimamapama.</p><p> regioni u kojima je c.o. ei su izdueni na genetikim mapama.</p></li><li><p> Razlika je izmeu uestalostirekombinacija i stvarne razdaljine izmeugena.</p><p> Ne uoavaju se sve rekombinacije.Multipli c.o. se mogu desiti izmeu jakoudaljenih gena, i neki od njih ne vodepojavi rekombinantnih hromozoma.</p><p> U sluaju jako udaljenih lokusa pravagenetika distanca, koja zavisi odprosenog broja c.o. na hromozomu,moe biti vea nego uoena uestalostrekombinacije.</p><p> Za gene udaljenije od 20cM sve je veeodstupanje jer je sve vea verovatnoamultiplih c.o.</p><p> Odnos izmeu uestalosti rekombinacija irazdaljine izmeu gena.</p><p> Za mala rastojanja postoji linearni odnos.Za vea rastojanja procenatrekombinacija potcenjuje pravurazdaljinu.</p><p>Rekombinaciono mapiranje otkriva redosled gena na hromozomima, alikonstrukcije genetikih mapa se baziraju na uestalosti c.o.</p></li><li><p> Fiziko mapiranje predstavlja potpunu sekvencu DNKhromozoma sa razdaljinama i lokacijama gena merenabrojem nukleotida (bp)</p><p>1 m.u.= 1cM = 106bp = 1Mb</p><p>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/genomes-maps/</p></li><li><p>lokusi kvantitativnih osobina (eng. Quantiative Trait Loci - QTL). identifikovani regioni genoma povezani sa nasledjivanjem</p><p>sloenih (kvantitativnih) osobina</p></li><li><p>Mapiranje genoma oveka</p></li><li><p>Projekat genoma oveka (HPG)</p></li><li><p>Sekvenciranje genoma oveka</p><p> 2 grupe su simultano objavile rezultate</p><p> Celera ScienceFeb 2001</p><p> IHGSC NatureFeb 2001</p></li><li><p>Mapiranje genoma oveka</p><p>nisu mogua test ukrtanja...mogue je:</p><p>analizirati haploidne produkte mejoze - razblaene do jedneelije, jednog spermatozoida, amplifikovane</p><p>detekcijom varijabilnih mesta na DNK kod neke osobe i njegovihhaploidnih spermatozoida kao produkata mejoze, mogue jeraunati RF (uestalost rekombinacija).</p><p>analiza rodoslova upotrebom DNK markera rekombinacioneanalize</p></li><li><p>Primer: Mukarac sa retkim X-</p><p>vezanim recesivnimporemeajem za metabolizameera (g) i slepilom za boje(c) daje potomke sa enombez ovih mutacija (CG/CG)</p><p> erke su sve heterozigoti, sadvostruko spregnutim CG/cg.</p><p> muko potomstvo ovih erkimoe dati uvid u RF - javljajuse parentalni i rekombinantnifenotipovi.</p><p>Korienje rodoslova i rekombinacija za mapiranja</p><p>muki pol je hemizigot za X dovoljno je analizirati muko potomstvo odene koja je heterozigot za 2 vezana lokusa</p></li><li><p>X hromozomprvi mapirani hromozom oveka i to samo na osnovu rekombinacionih analiza</p><p>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/</p></li><li><p> Za prepoznavanje rekombinanata i mapiranje gena u humanomgenomu koriste se rodoslovi i molekularni markeri, vezani za lokusekoji odredjuju neku osobinu, u heterozigotnom stanju, pogodno yamonogene, mendelovske osobine.</p><p> U genetici oveka koriste se rodoslovi i polimorfizmi DNK kaomarkeri i za odredjivanje pozicije QTL regiona koji utiu naispoljavanje sloenih osobina</p></li><li><p> "NEINFORMATIVNA MEJOZAi rekombinantni i nerekombinantni gameti su isti</p><p> A1 B1 A1 B1ili</p><p> A2 B1 A2 B1</p><p> "INFORMATIVNA MEJOZAA1 B2</p><p>A1 B1 rekombinantni gameti su: A2 B1</p><p>A2 B2 nerekombinanti gameti su: A1 B1</p><p>A2 B2</p><p>za utvrdjivanje vezanosti potrebne su "informativne mejoze:veliki rodoslovi i potomstvo kod koga moemo, praenjempojave dve osobine za koje pretpostavljamo da se zajedno -vezano nasledjuju, prepoznati rekombinaciju, tj pojavu nastankaosobina odvojeno</p></li><li><p>DNK polimorfizam - RFLP i mapiranje hromozoma</p><p> Jedinka A je heterozigot zaodredjeno restrikcionomesto:</p><p> Jedinka B je homozigot za dugifragment:</p><p> Jedinke A i B mogu umedjusobnom ukrtanju datipolovinu potomstva sa 3fragmenta, a drugu samo sajednim</p></li><li><p> RFLP kao MARKER za mapiranje gena Ako je neko heterozigotno restrikciono mesto vezano za neki</p><p>gen D u heterozigotnom stanju, u spregnutoj konformaciji,krosing over izmedju ova dva mesta dae rekombinantnegamete kao D-3 i d-2-1.</p><p>RF je mogue izraunati izmedju razliitih marker lokusai izmedju marker lokusa i gena sa poznatim fenotipskim efektom.</p></li><li><p> Primer: Mukarac heterozigot za gen koji nosi neko oboljenje, D/d i zamolekularni marker, M1/M2, ena homozigot za oba.</p><p> Pedigre na slici daje genotipove dece u odnosu na gamete koji dolaze odoca. Dvoje su rekombinanti, RF = 33%</p></li><li><p>"LOD skor" logaritam odnosa ishodaizraava vezanost 2 lokusa poredi verovatnou da e odredjeni rezultati rodoslova da se dobiju</p><p>ukoliko su 2 lokusa vezana (L) i ukoliko nisu vezana (NL)</p><p> LOD = log10 L/NL= (1- )NRx R 0,5NR+R</p><p>() je rekombionaciona frakcija=R/NR+R = 0,5 se oekuje ako je nazavisno rasporedjivanje - potpuna nevezanost</p><p>LOD scor 3, ukazuje na vezanostlog101000=3, znai da je ansa 1000:1 da dobijena</p><p>vezanost nije nastala sluajno</p></li><li><p>Haplotipski blok je region za koji studijeasocijacije ne daju podatke orekombinaciji..blisko su vezane sekvence</p><p>Primer: veliki haplotipski blok u LD na hromozomu 17lokusi i mutacije u njima:</p><p>- protein tau povezan sa mikrotubulama- povezani sa nizom neurodegenerativnih poremeaja- za proteaze sline presenilinima (transmembranskimproteinima)- koji rezultuju u Alzheimer boleti- za receptor za hormone koji osloobadja kortikotropin -imuni, endokrini, ponaajni odgovor na stres</p></li><li><p>osnovan 2002 cilj: opisati zajedniki obrazac variranja</p><p>humanih DNK sekvenci, ili, napravitihaplotipsku mapu genoma oveka</p><p> identifikovati neravnoteu vezanosti lokusa idistribuciju haplotipova u genomu</p><p> ovo je od znaaja za: identifikaciju lokusa za sloene osobine, kod oveka,</p><p>npr. dijabetes, kancer, modani udar, koronarnaoboljenja, depresija, astma</p><p> razumevanje populacione istorije ljudi koja seoslikava u razliitosti (slinosti)</p><p>http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.en</p></li><li><p>LD je opti fenomen genoma oveka. Dat je deo genoma u kome su hap blokovi sa D = 1odvojeni regionima u kojima se odigrala rekombinacija. Najvei blok ima 80 kb.</p></li><li><p> http://genomemaps.org/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/</p><p>http://dogsd.big.ac.cn/https://www.genome.gov/11008069/dog-genome-sequencing/</p><p>http://brassicadb.org/brad/</p></li></ul>

Recommended

View more >