Bioinformatics Practicas UB Sesión 4

  • Published on
    11-Apr-2017

  • View
    78

  • Download
    0

Embed Size (px)

Transcript

  • Profesores: Jose F. Sanchez (Dept. Gen+ca, Micro. y Estads+ca) -- jfsanchezherrero@ub.edu Josep Tarrag (Dept. Bioq y Biomed. Molecular) -- jtarragocelada@ub.edu

  • Bloque II

  • Bloque II

  • Big Data

    Ley de Moore: Gordon Moore en 1965 an+cipaba que la complejidad de los circuitos integrados se duplicara cada dos aos con una reduccin de costo conmensurable.

  • Big Data Coste de secuenciacin

  • Big Data Data stored at European Bioinforma+cs Ins++tute (EBI) doubles size every year

  • Bases de datos

  • Bases de datos

  • Bases de datos

    Es necesario tener estructurada la informacin y un acceso rpido

    Structure Query Languages (SQL) Tablas de la base de datos Filtro Datos a recuperar

  • ENSMART Estructura

    2.1.2 Cercant dades a EnsMart

  • ENSMART - Definir la base de dades - Ac+var els diferents filtres - Escollir els Camps a Recuperar - Combinar cerques amb una

    segona DB

    2.1.2 Cercant dades a EnsMart

  • ENSMART

    2.1.2 Cercant dades a EnsMart

    - Definir la base de dades - AcEvar els diferents filtres - Escollir els Camps a Recuperar - Combinar cerques amb una

    segona DB

  • ENSMART

    2.1.2 Cercant dades a EnsMart

    - Definir la base de dades - Ac+var els diferents filtres - Escollir els Camps a Recuperar - Combinar cerques amb una

    segona DB

  • ENSMART

    2.1.2 Cercant dades a EnsMart

    - Definir la base de dades - Ac+var els diferents filtres - Escollir els Camps a Recuperar - Combinar cerques amb una

    segona DB

  • 2.1.3 Exercicis amb BIOMART 1. Feu una taula amb el nombre de gens que codifiquen per protenes,

    pels cromosomes autosmics del genoma de Mus musculus

  • 2.1.3 Exercicis amb BIOMART 1. Feu una taula amb el nombre de gens que codifiquen per protenes,

    pels cromosomes autosmics del genoma de Mus musculus Cromosomes

    autosmics N de gens

    (protein_coding)

    1 1182

    2 1835

    3 1003

    4 1328

    5 1259

    6 1115

    7 2019

    8 1038

    9 1215

    10 1015

    11 1636

    12 673

    13 854

    14 909

    15 783

    16 667

    17 1057

    18 524

    19 717

    TOTAL 22237

  • 2.1.3 Exercicis amb BIOMART 2. Hem de recuperar les seqncies de nucle+ds dels exons codificants

    (CDS) dels gens localitzats al cromosoma 4 de Drosophila melanogaster. La capalera de les seqncies haur d'incloure l'iden+ficador de l'ex, el del trnscrit i el del gen, aix com les coordenades sobre el cromosoma.

  • 2.1.3 Exercicis amb BIOMART 2. Hem de recuperar les seqncies de nucle+ds dels exons codificants

    (CDS) dels gens localitzats al cromosoma 4 de Drosophila melanogaster. La capalera de les seqncies haur d'incloure l'iden+ficador de l'ex, el del trnscrit i el del gen, aix com les coordenades sobre el cromosoma.

  • 2.1.3 Exercicis amb BIOMART 3. Buscar gens que puguin estar relacionats amb malalEes al voltant del

    gen MECP2 (cromosoma X, banda Xq28). Tamb trobar quin s el codi ENSEMBL pel gen MECP2.

  • 2.1.3 Exercicis amb BIOMART 3. Buscar gens que puguin estar relacionats amb malalEes al voltant del

    gen MECP2 (cromosoma X, banda Xq28). Tamb trobar quin s el codi ENSEMBL pel gen MECP2.

  • 2.1.3 Exercicis amb BIOMART 3. Buscar gens que puguin estar relacionats amb malalEes al voltant del

    gen MECP2 (cromosoma X, banda Xq28). Tamb trobar quin s el codi ENSEMBL pel gen MECP2.

  • 2.1.3 Exercicis amb BIOMART 4. Con+nuant amb l'exemple anterior, volem recuperar tots els SNPs

    que caiguin en tots els exons de totes les isoformes d'splicing per aquest gen (MECP2). Quants estan suportats per un feno+p? Quins allels presenten? Podem recuperar altres dades relacionades amb aquests polimorfismes?

  • 2.1.3 Exercicis amb BIOMART 4. Con+nuant amb l'exemple anterior, volem recuperar tots els SNPs

    que caiguin en tots els exons de totes les isoformes d'splicing per aquest gen (MECP2). Quants estan suportats per un feno+p? Quins allels presenten? Podem recuperar altres dades relacionades amb aquests polimorfismes?

  • 2.1.3 Exercicis amb BIOMART 4. Con+nuant amb l'exemple anterior, volem recuperar tots els SNPs

    que caiguin en tots els exons de totes les isoformes d'splicing per aquest gen (MECP2). Quants estan suportats per un feno+p? Quins allels presenten? Podem recuperar altres dades relacionades amb aquests polimorfismes?

  • 2.1.3 Exercicis amb BIOMART

    5. Gens ortlegs entre mosques i abelles en el cromosoma 3R de Drosophila, entre coordenadas 1-5000000 bp?

Recommended

View more >